土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促进化学肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少部分化肥的投入。
一、使用生物菌肥的方法及时期
1、有效期
目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，存放时间过长，其菌种的休眠状态可能被破坏。
2、施用温度
施用菌肥的温度是22℃-35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。固氮菌肥适温度土壤的含水量是60%-70%。
3、施用地块
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫元素能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
4、菌数
有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
5、施用时期
生物菌肥不是肥，一般作底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果好。
二、使用生物菌肥的前提要素
1、是要调控好棚内的地温
一般菌肥中的生物菌在18-25℃时生命活动活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。要想调控好地温，首先要调控好翻内气温，一般棚内气温白天应保持在25-30℃，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，在操作行内覆盖作物秸秆也不失为一种好办法。
2、是要调控好土壤的湿度
土壤含水量不足不利于生物菌的生长繁殖，但土壤在浇水过大，透气性不良，含氧量较少的情况下也不利于生物菌的生存，因为生物菌大都是好氧性，一般在土壤见干见湿时生物菌的生命活动活跃。因此，除调控好地温外，合理浇水也是一个重要的因素。一般情况下，浇水应选在晴天的上午进行，因这段时间内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的排除。浇水时要注意浇小水，切忌大水漫灌，浇水后应及时划锄，以增加土壤透气性，促进生物菌的生命活动。
3、是要尽量避免生物菌受到伤害
生物菌怕杀菌剂，而不少菜农为防蔬菜根部病害常用杀菌剂灌根，这无疑使刚刚在土壤中定居的生物菌遭受灭顶之灾。另外，大量地冲施化肥对土壤中生物菌的伤害也很大。因此，对于施用生物菌肥的大棚地，应尽量避免使用杀菌剂灌根，少施大量元素水溶肥等化学肥料。
4、生物菌对土壤酸碱度也有要求
土壤偏碱或偏酸都不利于生物菌的生长繁殖。一般情况下土壤pH值在6.5-7.5之间时合生物菌的繁殖，菜农或果农可根据自己土壤的情况加以改造，使生物菌在一个良好的土壤环境中“生活”。
豆蛋白·豆肽酶微生物菌剂-鲁一-儒商化肥
有效活菌数≥10亿/克
有机质≥60%
净含量：40kg